上海药物所举办首期“藥學前沿交叉讲坛”

  2021年6月8日,上海药物所“藥學前沿交叉讲坛”第一期在承嘏厅举行。北京大数据研究院张林峰研究员、複旦大學藥學院王任小教授和药物所羅成研究员分别带来“Machine Learning Assisted Molecular Simulation and Drug Design”、“分子靶向药物设计的理论方法研究”和“新靶标、新机制的创新藥物发现研究:从计算机辅助药物设计到计算藥物化學生物学”的专题报告。药物所学术所長耿美玉出席会议并致辞,全所200余位科研人员和研究生参加了本次报告。会议由药物发现与设计中心主任朱維良研究员主持。
  羅成长期致力于新靶标、新机制的创新藥物化学研究,他综合运用计算机辅助药物设计和计算藥物化學生物学方法,针对重大疾病相关通路/靶标开展了新靶标先导化合物发现、新化合物与新靶标发现和天然药物靶标发现等研究。此次报告中,他介绍了团队运用计算机模拟方法,发现目标蛋白潜在变构口袋以及变构调控机制的过程,以及对多个新靶标进行靶向药物开发的探索。面对天然产物这个伟大宝库,羅成课题组结合组学分析等方法发现并确证了丹参主要成分、雷公藤红素的作用靶标。
  張林峰長期從事機器學習與分子模擬結合相關的方法和軟件開發工作。報告中,他從二者結合的底層原理出發,系統介紹了機器學習如何有效解決與計算藥物設計息息相關的電子結構、分子動力學、粗粒化分子動力學等模型精度與效率不可兼得的問題。此外,他還介紹了相關軟件開發和高性能優化的進展。他強調,“物理模型+機器學習+高性能計算”將是計算模擬的新範式,而多學科交叉與協同是實現這一新範式的重中之重。
  王任小主要介绍了蛋白-配体相互作用打分函数背景及在这方面的工作进展,并对机器学习打分函数进行了评价。他带领的团队从测试集、打分函数以及多种评价指标出发,发展了高质量的打分函数评价体系CASF(comparative assessment of scoring functions),从打分能力、排序能力、对接能力以及筛选能力指标来衡量打分函数性能,为该领域提供了行业标准,形成了打分函数研究的完整生态系统。此外,王任小团队在该课题的研究过程中,创建并发展了PDBbind-CN数据库,被广泛地应用于发展打分函数、药物-靶标作用网络研究、生物分子识别等研究,受到了国内外研究者的高度关注。
  報告結束後,三位嘉賓與參會人員進行了熱烈的討論和交流,並合影留念。
  上海药物所自2012年起开始举办“藥學前沿”系列讲坛,2012年至2016年间邀请所内课题组长作“藥學前沿精品讲坛”共计47期。2017年起邀请所外院士、杰青等专家作“藥學前沿承嘏讲坛”,至今已举办33期。2021年6月,为了进一步促进藥學与相关领域的学科间交叉融合,研究所开启“藥學前沿交叉讲坛”,由所内各研究中心承办。首期交叉讲坛由药物发现与设计中心承办。
  

学术所長耿美玉致辞


朱維良研究员主持报告
羅成研究员作主题报告
張林峰研究員作主題報告 
王任小教授作主題報告 
報告會現場 
專家合影
  (供稿部门:药物发现与设计中心朱維良课题组)