上海藥物研究所是國務院批准的首批建立博士後科研流動站的單位,建站學科爲化學、藥學。1986年以來,先後有450余位博士學位獲得者經全國博士後管委會批准進站工作,其中40余人在國外取得博士學位,目前已有300余人出站。多人次獲國家、上海市和中國博士後科研基金資助。在站及出站後發表論文2000多篇,取得多項專利和新藥證書。他們中的大多數人已成爲這一領域的學科帶頭人,部分已經走上了單位的領導崗位。
  中科院的創新工程,除了知識創新,還包括體制和機制的創新。在博士後工作中,我們注重革新觀念,突破原來的博士後管理中制度的束縛,鼓勵競爭,在競爭中促進博士後和博士後導師的共同發展。在博士後制度上,逐漸與國際慣例接軌。另外,對博士後制度本身不斷進行反思,把博士後培養與國家的需求和上海市經濟的發展緊密結合,凸顯以市場爲導向和目的的企業博士後作用,加大企業博士後招收力度,先後與太極集團、華神集團、複星實業、張江科技、養生堂、浙江嘉興高技術園區、揚子江藥業、上海醫藥集團、華源集團、西安東盛集團等40余家全國性或地方性生物醫藥企業建立了聯合培養博士後的協議,並順利招收50多名博士後研究人員開展工作,且其招收比例在逐年擴大。