上海藥物所在創新藥物的基礎研究和新藥開發方面做出了顯著成績。80多年來，藥物所共獲得各類科研成果獎170余項，其中國家三大獎20項，全國科學大會獎等獎勵21項，省部級獎90項；自實施中國專利法以來，共獲得授權專利497項，爲中國藥學事業的發展作出了不可替代的貢獻。　　

1998年以来，累计发表論文8300余篇，其中SCI論文5921篇，2006年以来，影响因子大于3的累计2389篇。发表的SCI論文和引用率连续多年保持全国科研机构前15名，位列全国药学院校和科研机构首位。

2015年，我所共有15項新藥研發成果成功轉讓，合同總額達8億元；5個1.1類新藥獲批臨床批件，與恒瑞制藥並列化藥領域全國第一；利用綜合性大平台的優勢力量，共爲企業提供新藥臨床前評價服務270余項，合同總額超過1.5億元，其中一類新藥的研究項目達到50多項；協助企業獲得臨床批件9項，其中化藥1.1類新藥6項。